在《看门狗 2》庞大而动态的开放世界中，将黑客技术作为一种武器。
2016 年，ctOS 2.0（一种将城市基础设施联网的先进操作系统）在美国多个城市实施，以创建一个更安全、更高效的大都市。
玩家将扮演生活在科技革命发源地旧金山湾区的杰出青年黑客马库斯-霍洛威（Marcus Holloway）。他将与臭名昭著的黑客组织 Dedsec 合作，揭露ctOS 2.0 隐藏的危险，ctOS 2.0 在腐败的公司手中被错误地用于大规模监控和操纵公民。
借助黑客和 Dedsec 的力量，发起 "世纪黑客行动"，攻克 ctOS 2.0，将自由还给属于它的人：人民
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继芝加哥事件之后，旧金山成为下一个安装 CTOS（中央操作系统）的城市。来自加利福尼亚奥克兰的智能黑客马库斯-霍洛韦（Marcus Holloway）因一桩他并未犯下的罪行而受到惩罚，升级后的 CTOS 2.0 系统将他列为嫌疑人。他意识到这一系统暗中给旧金山的无辜市民带来了伤害，于是决定与黑客组织 DedSec 合作，摧毁旧金山的 CTOS 2.0 系统以及幕后公司 Blume。
马库斯加入了 DedSec，并与其他黑客 Sitara、Wrench、Horatio 和 Josh 一起工作，他们开始利用自己的技能揭露那些秘密利用窃取的个人 CTOS 数据谋取私利的腐败组织和公司。游戏以马库斯的 DedSec 入职测试开始：从数据库中删除自己的 CTOS 资料。很快，他被告知有一个名为 "新黎明 "的假冒教会充当犯罪组织。最终，马库斯偶然发现了 Bellwether 的存在。Bellwether 是一个数据操纵程序，由 Blume 的首席技术官杜桑-内梅克（Dušan Nemec）提供 CTOS 数据，用于操纵世界金融和政治。DedSec 后来设法招募了老牌黑客雷蒙德-肯尼（Raymond "T-Bone" Kenney），他决心与布卢姆决一死战。
在他的协助下，DedSec 成功揭露了联邦调查局和 Nudle、Tidis 和 Galilei 等众多硅谷公司的腐败行为，并扳倒了 Tezcas 这个街头暴力团伙的头目，该团伙绑架了 DedSec 成员 Horatio Carlin，并在他拒绝与他们合作后将其杀害。他们得知布卢姆正计划安装一个卫星网络，旨在绕过海底数据电缆，从而有效地让布卢姆垄断整个世界的电子数据和股票交易，于是他们潜入其中一颗卫星的发射区安装了一个后门。为了彻底打垮布卢姆和杜桑，马库斯闯入布卢姆的旧金山总部，侵入他们的服务器，揭露了 Bellwether 的存在和杜桑的腐败。杜桑因诈骗被捕，布卢姆也被立案调查，但 DedSec 决心继续打击布卢姆。
在发布后的补丁中添加的一个扩展结局场景中，两个身份不明的人指出，由于旧金山的 Blume 丑闻，全球出现了更多的 DedSec 小组和黑客组织，是时候启动他们自己的计划了，这可能预示着第三部《看门狗》游戏的到来。
